Z hlediska aplikací lze magnetické koule využít k intelektuálnímu rozvoji dětí, které jim pomohou porozumět geometrickým tvarům a prostorovým strukturám; mohou je také používat dospělí ke zmírnění stresu a umožňují jim relaxovat při hře s magnetickými kuličkami; kromě toho se magnetické kuličky používají ve vědeckých experimentech k demonstraci základních principů magnetických polí a sil.
Při používání magnetických kuliček je třeba vzít v úvahu následující body: Za prvé, protože magnetické koule mají silný magnetismus, neumisťujte je do blízkosti elektronických zařízení, abyste zabránili rušení jejich normálního provozu; za druhé, magnetické kuličky nejsou vhodné pro malé děti, protože náhodné spolknutí může způsobit vážné zdravotní problémy; nakonec se vyhněte dlouhodobému vystavení magnetických kuliček vysokým teplotám, protože to může ovlivnit jejich magnetismus.